De acordo com os registros históricos, Antonio Rodrigues, João Ramalho e Mestre Cosme Fernandes, o "Bacharel" foram os primeiros portugueses a viver em São Vicente. Provavelmente eles eram tripulantes da armada de Francisco de Almeida e desembarcaram aqui em 1493. João Ramalho era casado com a índia Bartira, filha do poderoso Cacique Tibiriçá. Antonio Rodrigues também casou-se com uma índia, filha do Cacique Piquerobi. Mestre Cosme era dono do Japuí e do Porto das Naus, onde construiu um estaleiro muito conhecido pelos navegadores da época. A pequena povoação se organizou e começou a ser reconhecida na Europa como eficiente ponto de parada para reabastecimento e tráfico de escravos índios. Tanto isso é verdade que o porto que aqui existia já constava em um mapa feito em 1501 e trazido por Américo Vespúcio na expedição de Gaspar de Lemos, que aqui chegou em 22 de janeiro de 1502 e batizou o local como São Vicente, em homenagem a São Vicente Mártir.

Os primeiros moradores viviam em harmonia com os índios e exerciam o livre comércio com os aventureiros que para cá vinham, fornecendo-lhes farinha de mandioca, milho, carne, frutas, água e artefatos de couro, e recebendo em troca roupas, armas e ferramentas. Tudo isso acontecia no início da década de 1520, mas alguns fatos ocorridos há alguns quilômetros daqui mudaram a vida dos primeiros moradores de São Vicente. É que em 1526, uma esquadra de seis navios comandada por Cristovão Jaques, designada pela Coroa Portuguesa para reforçar a vigilância na costa brasileira, afundou três navios franceses perto da Bahia. Esse fato alarmou a Corte, que decidiu iniciar a colonização oficial das novas terras conquistadas. D. João III, então, mandou que os oficiais militares preparassem uma expedição e mandou chamar seu amigo de infância, Martim Afonso de Sousa. O navegador português recebeu a missão e levou seu irmão, Pero Lopes de Sousa, além de 400 homens, que lotaram as cinco embarcações. A expedição partiu de Lisboa no dia 3 de dezembro de 1530. Mas essa viagem é uma outra parte da história.